L’Agglomération de Vesoul assure la gestion des rivières et la compétence GEMAPI (GEstion des Milieux Aquatique et Protection contre les Inondations) sur les 20 communes de son territoire.
L’Agglomération gère aussi 3 barrages régulateurs de niveau, dit « du Lac », « de Pontarcher » et « de Poincaré ». Le niveau des rivières est suivi grâce à des sondes réparties dans les rivières et à 5 pluviomètres. Ce dispositif permet de déclencher des alertes en cas de fortes crues ou en période de sécheresse.
Les principales rivières traversant l’Agglomération sont :
- le Durgeon
- la Colombine
- le Bâtard
- la Méline
- la Vaugine
Les axes d’action sont :
- Etude et gestion des dispositifs d’endiguement
- Entretien courant : retrait du tuf de la Méline, coupe de la végétation, retrait des embâcles, et des dépôts sédimentaires
- Amélioration de la qualité des eaux des rivières par la réduction des rejets directs d’eaux usées en coordination avec la Direction Assainissement
- Restauration de zones humides et amélioration de la biodiversité
L’élu référent de l’Agglomération est Fabrice TAILHARDAT.



